Corona Virus

jmguiche dit :

Le test donne un faux positif avec une probabilité de 1/10000
Le test donne des faux négatif avec une probabilité de 95 %
 

Ces deux chiffres étant totalement faux, difficile d'être d'accord.
Le premier est du pur fantasme, totalement invérifiable.
Pour le second, selon les études, ça varie de 70 à 95%. Donc retenir 95 est ultra optimiste comme choix.

jmguiche dit : Et si je souhaite évaluer ma crédence en une théorie par rapport à des données, qu’elle est ma crédence initiale ? Y a t il une différence entre croire à 99% ou à 99,99% ? Perso, je ne fais pas trop la différence.

Je faisait référence à ce que tu avais écrit précédemment: "proche de 100%" ce qui concernait la fiabilité de données et non d'une théorie.

Concernant la différence voici une astuce: 1/100 et 1/10 000 sont des fractions très distinctes.

Si on a une quasi certitude sur l'apriori et que celui ci s'oppose à la quasi infaillibilité d'une nouvelle donnée,
Alors il est essentiel de connaître les ordres de grandeurs qui s'opposent.

(Mais je convient que le profil de personne dont l'apriori est très faible, n'est pas celui qui effectue le + de test)

loïc dit :Mais tu sors les chiffres de ton chapeau jmguiche, c'est ça que je conteste. 0.0001% de faux positif sons sourciller. Aucune étude n'affirme cela. Pour les faux négatifs, ça va de 5 à 30% selon les sources.

Concernant les sources qui donnent des ordres de grandeur de 30%, il faut préciser un malentendu important.

Ce ne sont pas de réels "faux positifs". Il s'agit en réalité de cas positif, mais dont la charge virale est devenue si faible que le sujet ne peut plus être contaminant.

Tout ça pour dire qu'on évolues dans une myriade d'informations très confusionnelles. Et que des personnes de bonne foi peuvent s'opposer sur ce genre d'éléments (les relais d'informations étant imparfaits et diffusant parfois des amalgames).

Par ailleurs, en fonction des conditions, hypothèses et groupes étudiés, les résultats peuvent différer d’une étude à l’autre. C’est difficile (voir impossible) de conclure sur les seuls chiffres sans regarder le détail et l’analyse de chaque études (ce qui demande un travail de synthèse colossale). Sans parler que d’un variant à l’autre faut remettre à jour nos données.

On est encore souvent dans le balbutiement de la recherche. Qu’il ne faut pas confondre avec le socle de connaissances plus établies. La recherche précède la science.

(Ce qui ne veut pas dire qu’on doit pas la prendre en considération, mais que c’est souvent moins évident que ça en à l’air)

loïc dit :Mais tu sors les chiffres de ton chapeau jmguiche, c'est ça que je conteste. 0.0001% de faux positif sons sourciller. Aucune étude n'affirme cela. Pour les faux négatifs, ça va de 5 à 30% selon les sources.
Et pour les faux positifs, vu le nombre d'asymptomatique, tu les détectes comment ? C'est juste que pouvoir affirmer comme ça, sans le moindre élément, qu'il y a 0.0001% de faux positif, ça n'a pas de sens.
Un petit lien pour ceux que ça intéresse. Même avec un test fiable à 98%, le taux d'incertitude reste élevé.

Et, contrairement à ce que tu affirmes, je ne dis pas qu'il ne faut pas faire de tests. Juste, qu'aujourd'hui, l'explosion du nombre de tests pour justifier certaines mesures doit être interrogé. Car aucun test n'est fiable à 100%; ni même à 99,99%.

D’abord « et pour les faux positif, vu le nombre d’asymptomatiques  tu les détectes comment ? »…
Je ne comprend pas trop la question.
la qualité d’un test (précision , taux de faux positifs, etc..) est connu avant la mise sur le marché. On n’utilise pas un test dont on ne connaît pas la fiabilité ! 

Pour en revenir au couplet sur « les test, c’est pas parce que tu es positif que tu es malade »… On passe de « regarde c’est dit dans la vidéo de phi » à « je ne suis pas d’accord avec 1/10000 ». C’est un progrès.

Alors pour toi, « pratiquement nul », c’est combien ? 
En français ça veux dire « pour vos calculs prenez 0 », mais bon… c’est de la bio, ces gens ne sont pas précis…
Alors on prend combien ? 1/1000 ? Pas 1%, parceque 1%, ce n’est pas pratiquement nul, même pour un biologiste…

Mais si tu insiste, on va prendre 1%.

aujourd’hui, la prévalence de la maladie est de 5% (hé oui, tout augmente et ça tombe bien c’est plus facile pour les calcul.
le taux de faux négatif est de 20%. (Grosso  modo )
le taux de faux positif est de 1%… on va arrondir à 1 pour 95… je ne suis pas chien, ça ne va pas dans 
mon sens.

donc globalement, sur une « population hyper représentative de 100 », tu as
4 infectés déclarés positifs
1 infecté déclare negatif
1 non infecté declaré positif
94 non infectés négatif…

bref, même a 1% de faux positif (whaou le pratiquement nul), si tu es positif, tu as 80% de chance d’être infecté. Alors jeter le discrédit sur l’utilisation des tests , aujourd’hui, ça ne tient pas. Et utiliser l’utilisation dés test pour justifier des intentions cachées et malveillantes, ça craint, c’est une affirmation gratuite digne de DuPont-Aignan.

On n’est vraiment pas dans la situation décrite par l’exemple de M Phi. Tout simplement parce que la probabilité d’être infecté est largement supérieure à celle d’être faux positif. Il est vraiment dommage que les vulgarisateurs n’aillent pas jusqu’au bout de leur explication.

Et merci pour le lien, il y est dit exactement ce que je raconte, avec le même biais de présentation que M Phi.
Je répète : mettre en avant le fait que si la prévalence est tres inferieure au taux de faux positifs alors on est probablement pas infecté, en oubliant que quand c’est l’inverse, la prévalence supérieure au taux de faux positifs, on est très certainement infecté.
Ce qui est bien dommage. Mais bon, c’est quand même au pharamineux niveau de la règle de trois, et de l’équation de bayes pour les fans.
 

Vicen dit :
loïc dit :Mais tu sors les chiffres de ton chapeau jmguiche, c'est ça que je conteste. 0.0001% de faux positif sons sourciller. Aucune étude n'affirme cela. Pour les faux négatifs, ça va de 5 à 30% selon les sources.

Concernant les sources qui donnent des ordres de grandeur de 30%, il faut préciser un malentendu important.

Ce ne sont pas de réels "faux positifs". Il s'agit en réalité de cas positif, mais dont la charge virale est devenue si faible que le sujet ne peut plus être contaminant.

Tout ça pour dire qu'on évolues dans une myriade d'informations très confusionnelles. Et que des personnes de bonne foi peuvent s'opposer sur ce genre d'éléments (les relais d'informations étant imparfaits et diffusant parfois des amalgames).

Et de nombreux réseaux ou personnalités utilisent la crise pour savonner la planche de ceux qui la gère…
Par idéologie ou par opportunisme.
Mais personne ne nous oblige à être dupe et à regarder RT France ou Cnews ou le groupe « on nous cache tout : la vérité sur les tests, les vaccins et la conscience quantique » de Facebook.

Je n’ai aucune sympathie pour « ceux qui la gèrent », mais quand je lis le discours de ceux qui critiquent, je suis assez content qu’ils ne soient pas aux affaires… 
A moins que… s’ils avaient été aux affaires ils auraient fait la même chose que ceux qui y sont et tout cela n’est que posture.
Et du coup, finalement, je suis bien content qu’ils ne soient pas aux affaires.

Le minima serait de respecter les recommandations de l’OMS, ce qu’aucun gouvernement ne semble faire.

Je me permets…je vais peut être le regretter mais on verra…

…beaucoup de scientifiques parlent au conditionnel parce que…c’est un peu le principe de la science, avant de savoir d’être sûr (et encore c’est un raccourci de langage…) et d’avoir un consensus, il faut de nombreuses études, des recoupements, etc donc du temps…

Nos dirigeants et leur opposition eux ne parlent pas au conditionnel mais affirment…et c’est en affirmant qu’ils se savonnent leur propre planche…et savonnent facilement celle de l’autre bord…


On saura dans plusieurs mois, années qui avait « raison » (disons plutôt le moins tort…)

jmguiche dit :

Pour en revenir au couplet sur « les test, c’est pas parce que tu es positif que tu es malade »… On passe de « regarde c’est dit dans la vidéo de phi » à « je ne suis pas d’accord avec 1/10000 ». C’est un progrès.

J'ai jamais dit ça. La vidéo de Phi, c'est pas moi qui l'ai posté.

Alors pour toi, « pratiquement nul », c’est combien ? 

C'est toi qui parle de pratiquement nul sans source, pas moi.

tu as 80% de chance d’être infecté. Alors jeter le discrédit sur l’utilisation des tests , aujourd’hui, ça ne tient pas.

C'est vrai que 20%, c'est pratiquement nul

 

Je répondais à ça :
 Loïc :  « Pourquoi apprendraient-ils ?
Surtout que je viens de me pencher sur les stats (pour d’autres raisons) mais ça faisait un bon exercice pratique. Et, avec les incertitudes sur les tests (10% à la louche) et le faible nombre de contaminés (2% (2000 pour 100000), si ton test est positif, t’as quand même moins d’une chance sur 4 d’être malade. Donc les tests à tout va, ça ne peut que donner un gros bordel, l’incertitude étant bien trop grande.
Mais bon, s’ils savaient écouter, ça se saurait aussi. Ils vont continuer à n’en faire qu’à leur tête, sortir des mesures à la con à la pelle et on en a encore pour quelques années avec ce bordel (et s’ils sont réélus, ça va être la fête).« 

Moins d’une chance sur 4 d’être malade… ben non, dans le meilleur des cas, c’est moins d’une chance sur 5 d’être en bonne santé. 

ce n’est pas moi qui parle de pratiquement nul, ce sont les gens chargés d’évaluer la fiabilité des test :

je cite : « Quels sont les risques d’erreurs ? La probabilité de faux négatifs ou de faux positifs est “quasi nulle”, explique à franceinfo Vincent Enouf, responsable adjoint du Centre national de référence des virus des infections respiratoires, qui était chargé au début de la pandémie d’évaluer la fiabilité des tests. “Aujourd’hui, en RT-PCR, on a des méthodes très sensibles”, la sensibilité étant la capacité d’un test à détecter le virus.« 
 
https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/pcr-antigenique-salivaire-autotest-quelle-est-la-fiabilite-des-tests-de-depistage-du-covid-19-et-lequel-choisir_4881041.html

L
e résultat de 20 % est un résultat de calcul basé en considérant, pour aller dans ton sens, que le taux de faux positifs est de 1%. Un peu de bonne fois que diable ! On peut pas se comprendre mais là tu n’es pas honnête. 

Une chose est sur, c’est que même avec ce chiffre de 1%, ce n’est pas une chance sur 4 d’être malade (ta position), c’est une chance sur 5 de ne pas l’être.
Bref, si on est testé positif au Covid, actuellement, il est raisonnable de se considérer porteur du virus plutôt que l’inverse.

C’est ce que j’essaye d’expliquer depuis la page précédente.

On commence à voir des gens positifs qui ne font pas attention parce que « mais j’ai pas de symptômes et les tests ils sont pas fiables ! ». 
C’est arrivé à une famille d’amis qui devait aller voir la grand mère de plus de 80 balais, tous vaccinés testés avant d’y aller, qui ont appris que les 2 gamins/ados des voisins avec qui leurs propres enfants/ados étaient en train de jouer étaient tout les deux positifs mais « bof, vous savez les tests c’est pas à 100% et ils n’ont pas de symptômes… ».
Bref, un raisonnement à la con frisant, à mon avis, le criminel.
Annulation de la visite à la grand mere.

C’est un petit peu comme les escadrilles de canards sauvages…

Au sujet de la rentrée de janvier:

@jmblanquer À l’issue du conseil de défense sanitaire de ce jour, il a été décidé le maintien de la rentrée scolaire, en présence, au lundi 3 janvier 2021 pour tous les écoles, collèges et lycées. La sécurité sanitaire et l’avenir de notre jeunesse demeurent les priorités du @gouvernementFR
https://twitter.com/jmblanquer/status/1475545409930027013
Le ministre de l’éducation masque certaines réponses à son tweet, notamment les questions gênantes:

Sans oublier que le ministre a formulé (par voie de presse non-gratuite) les nouvelles directives sanitaires tardivement à la veille de la rentrée… comme un élève qui s’y prend au dernier moment pour rendre son DM de maths. facespam



Voici une autre perle:
(c’est pas Macron qui avait dit “y a des mots qui blessent” et qu’il ferait gaffe aux mots qu’il emploierait à l’avenir ?) surprise

Passons sur la vulgaire polémique (calcul politique) et l’ironie… pour s’attarder sur l’amer constat de ce citoyen anonyme.

La problématique étant que les personnes qui viennent également pour autre chose que le covid, ne peuvent pas non plus être correctement accueilli, à cause du combo saturation covid + fermeture de lits.

Sans parler du manque de personnels qui précède l’épidémie (on se rappellera les manifestations du corps hospitalier qui n’ont eu pour seul réponse, la diligence musclée de CRS)

La santé selon la définition de l’OMS est « un état de complet bien-être physique, mental et social, et ne consiste pas seulement en une absence de maladie ou d’infirmité ».

C’est entre autre pourquoi l’OMS fait certaines recommandations. Dont prôner la pédagogie, plutôt que la coercition.

Mais force est de constater que le gouvernement préfère appliquer ça:


Et c’est loin d’être la seule recommandations de l’OMS que le gouvernement traite par dessus la jambe. Mais je vous rassure (ou pas) à l’international on est loin d’être les seuls à ne suivre pratiquement aucune recommandation.

Rappel par cet autre exemple de recommandation de l’organisation mondiale de la santé à laquelle l’occident fait la sourde oreille.

Vicen dit :Le manque de vaccination dans les pays pauvres, fait qu’invariablement, on se prendra continuellement des vagues de variants. L’OMS averti que les dose de rappel dans les pays qui bénéficient déjà d’une forte couverture vaccinale, ne sera pas se qui endiguera l’épidémie.

Lire l’article:
https://www.lapresse.ca/international/2021-09-08/covid-19/l-oms-denonce-la-dose-de-rappel-prone-l-aide-aux-pays-pauvres.php
Résumé: en gros, plutôt que de faire des rappels, on ferait mieux de fournir nos doses aux pays tiers où la couverture vaccinale est faible et dans lesquels faute de ceci, l’émergence de variant prolifère.
(et c’est pas en envoyant des doses sur le point de périmer qu’on va régler le problème)

Cette mauvaise gestion, c’est un peu comme dans Don’t Look Up dans lequel le problème mondial n’est abordé qu’à une échelle nationale, et où les instances gouvernementales préfèrent faire les choses à leur sauce que de suivre l’avis scientifique.

Pour donner un ordre d’idée, j’ai fait les calculs relatifs au covid avec les données suivantes:

Sensibilité des autotests: 80%
Spécificité de ces mêmes autotests: 99% (site de la HAS; ce sont des valeurs minimales théoriques, je les choisis pour exécuter les calculs)

Probabilité d’être touché par le covid: 3% (Santé Publique France)

On trouve alors que la probabilité d’être sain alors que votre test est positif est de 29%.
La probabilité d’être malade avec un test négatif est 1%.

Le but de ces autotests semble bien être de pousser à aller vers les PCR pour confirmer un autotest positif, et de limiter les cas où un autotest négatif vous aura détendu à tort.


Après, les valeurs que j’ai utilisées sont effectivement sans doute contestables sur des points que j’ignore (les lignes du dessus, c’est mon domaine, la médecine ne l’est pas).




Sinon, tout à fait d’accord avec Vicen, par ailleurs, sur son dernier message.

Après un gouvernement qui appliquerait les recommandations de l’OMS, serait inévitablement fustigé de faire passer les intérêts internationaux (du tiers monde) avant celles des français. Et dans le contexte politique actuel (très nationaliste), ce serait un suicide politique.

Vicen dit :Après un gouvernement qui appliquerait les recommandations de l'OMS, serait inévitablement fustigé de faire passer les intérêts internationaux (du tiers monde) avant celles des français. Et dans le contexte politique actuel (très nationaliste), ce serait un suicide politique.

Et c’est le cas partout.

Du coup ce n’est pas seulement la faute des gouvernants mais aussi la notre 😉

firebird dit :On trouve alors que la probabilité d'être sain alors que votre test est positif est de 29%.
La probabilité d'être malade avec un test négatif est 1%.

Si je peux me permettre, dans beaucoup de cas, quand on réalise un test, c'est qu'on a une suspicion de covid (mon collègue, conjoint ou la moitié de ma classe positif, j'ai des symptômes, etc). Donc le 3% de probabilité d'être positif ne s'applique souvent pas aux gens qui se font tester car ils ne sont pas représentatifs de la population générale, ce qui décale ces estimations.

Les autotests, en ce jour de grève dans l'éducation nationale, sont au coeur du protocole sanitaire dans les écoles. Ceux qui ont des enfants ont sans doute remarqué ces derniers mois que quand le covid touchait une classe, il se limitait rarement à un élève. Donc avec le protocole actuel (auto test à J0, J+2 et J+4), sur une classe de 30, combien les autotests renverront-ils d'élèves contagieux en classe suite à un faux négatif ? Il en suffit d'un pour remettre une pièce dans la machine !

Moralité, les autotests, comme tout le reste de notre arsenal anti covid, sont un outil formidable mais qui ne résout rien à lui seul. Et je n'ai pas le sentiment que les directives de nos politiques nous apprennent à l'utiliser intelligemment.

DuncanIdaho dit :
firebird dit :On trouve alors que la probabilité d'être sain alors que votre test est positif est de 29%.
La probabilité d'être malade avec un test négatif est 1%.

Si je peux me permettre, dans beaucoup de cas, quand on réalise un test, c'est qu'on a une suspicion de covid (mon collègue, conjoint ou la moitié de ma classe positif, j'ai des symptômes, etc). Donc le 3% de probabilité d'être positif ne s'applique souvent pas aux gens qui se font tester car ils ne sont pas représentatifs de la population générale, ce qui décale ces estimations.

J'ai en effet bien du mal à avoir une intuition correcte des probabilités, c'est souvent source d'erreur.

Mais attention, le 3% n'est pas la probabilité d'avoir un test positif (qui est de 3,37% dans le modèle précédent, lors d'un calcul intermédiaire), mais celle d'avoir le covid.

Après, autant les 3,37% m'ont paru peu (mais mon impression n'a que peu de valeur, comme je disais), autant cette probabilité est calculée sans tenir compte de l'événement "avoir des suspicions d'être positif", car ce dernier est beaucoup trop subjectif, je pense, pour être pris en compte.


Les autotests, en ce jour de grève dans l'éducation nationale, sont au coeur du protocole sanitaire dans les écoles. Ceux qui ont des enfants ont sans doute remarqué ces derniers mois que quand le covid touchait une classe, il se limitait rarement à un élève. Donc avec le protocole actuel (auto test à J0, J+2 et J+4), sur une classe de 30, combien les autotests renverront-ils d'élèves contagieux en classe suite à un faux négatif ? Il en suffit d'un pour remettre une pièce dans la machine !

Moralité, les autotests, comme tout le reste de notre arsenal anti covid, sont un outil formidable mais qui ne résout rien à lui seul. Et je n'ai pas le sentiment que les directives de nos politiques nous apprennent à l'utiliser intelligemment.

Entièrement d'accord avec ça.

 

3% n’a en effet rien à voir avec la performance des tests, c’est la probabilité a priori d’avoir le covid en ce moment en France. Je pense que c’est un chiffre qui est brandi ces jours-ci parce qu’on mesure que 3% de la population française est actuellement “covidée” en ce début janvier (même si cette mesure est indirectement liée aux tests évidemment puisqu’il faut bien déterminer qui a le covid et qui ne l’a pas). Mais je doute que ceux font dans le froid le tour de toutes les pharmacies de la ville pour acheter des auto tests soient représentatifs de la population totale. Si je fais un auto test parce que ma femme est positive et alitée avec des courbatures plein de le dos, je ne pars pas du principe que je n’ai que 3% de chances d’avoir le covid même si je suis incapable de l’estimer avec précision ! En revanche, ma grand-mère qui vit seule chez elle et se fait livrer ses courses à domicile a probablement beaucoup moins de 3% de chances de l’avoir, et elle ne fera pas la queue devant la pharmacie, tant mieux pour elle d’ailleurs ! Le calcul des probabilités conditionnelles se heurte rapidement aux réalités du terrain : le résultat du test est loin d’être le seul élément qui vient modifier l’estimation de la probabilité, c’est juste le seul dont on peut estimer l’influence.

De toute façon, il vaut mieux par prudence ne pas partir du principe d’être un faux positif (même si c’est pas impossible). D’autant qu’on peut-être asymptomatique et contagieux.