J’ai le premier avec les 2 extensions et j’ai joué plusieurs fois avec le second.
Si je devais en acheter un aujourd’hui, je prendrai le deuxième, plus d’options (espions et vers) et je trouve le deck building plus dynamique (les cartes me semblent moins chers). Globalement, on a plus de stratégies très différentes. Je n’ai encore jamais essayé l’extension Lignées.
Mais le premier fait quand même bien le taff, je le conserve et ne le remplacerai pas par le second.
Et les cartes intrigues moins « cheater » je trouve. Et puis l’utilisation des espions et pour moi, indispensable, je ne me verrai pas jouer sans.
Ok merci pour ta réponse ! 
Les emplacements du plateau ont quasiment tous été réduit en puissance.
Les cartes intrigues sont réduites en puissance à tel point que tu en récupères une au hall de l’assemblée avec le point de persuasion. (Mais il y a beaucoup plus d’autres effets qui synergisent avec les cartes intrigues)
Les cartes sont elles toutes plus forte à coût équivalent en persuasion.
L’aspect deck building est renforcé. Le maître d’arme est moins fort qu’avant. Il n’y a plus vraiment d’emplacement du plateau qui contraint la méta comme l’expédition interstellaire avec les vaisseaux et la contrainte d’être au niveau 2 chez la guilde spatiale.
Plus de liberté et d’option dans uprising mais aussi plus difficile d’initier des nouveaux joueurs avec uprising.
Je trouve que le DI de base avec l’extension Immortalité n’a rien à envier à DIU. Je n’utilise pratiquement jamais l’extension Ix, dont les cuirassés scriptent trop le jeu à mon sens. J’ai un peu la même réserve vis-à-vis de DIU (je précise que j’ai bien les deux jeux) dont les vers scriptent également trop le jeu. Pour l’instant, l’apport des Sardaukars ne me semble pas suffisant pour rivaliser avec les vers.
Lignées apporte plus qu’on le pense au premier Dune Imperium :