Ben oui, quoi, moi, je sais pas vraiment qu’en faire…
Ça dépend.
Parfois je garde, quand la boîte de base est pleine, parfois je jéte. Il n’y a pas de règle.
Il m’arrive de découper la couverture de l’extension pour la mettre dans la boîte de base pour me souvenir que l’extension est dedans.
ça peut faire des boites pour mettre d’autres trucs dedans (pas des jeux)…
Moi c’est très simple, je laisse la boîte en magasin, avec son contenu à l’intérieur 
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Avant je gardais, maintenant je balance systématiquement.
Les inserts de folded Space m’ont bien aidé a franchir le pas.
Elles ont leur rangement spécifique hors de portée 
Je les garde surtout au cas où je décide de vendre l’extension seule… Ou au cas où je décide de vendre le tout et éviter l’éventuelle “perte de valeur” parce que je n’ai plus la boîte de l’extension.
Bref je devrais pouvoir en balancer les 3/4 mais je n’arrive pas à m’y résoudre.
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Elles sont pleines de boîtes plus petites ou ce n’est pas optimisé ? 
Je les balance au grenier et quand y’en a trop, je fais un aller simple vers la dechetterie ^^
Avant je me faisais des “big box” en les mettant dans la boite de base mais depuis quelques années, le marché de l’occasion s’est concentré non seulement sur le jeu mais sur l’objet en lui même, une eraflure de la boite peut fiche en l’air une vente pour certains jeux…
Bref, pour les jeux largement répandus, (les extensions de carcassonne) j’ai jeté les boites des premières extensions, pareil pour l’age de pierre. pour les jeux un peu plus rares je ne les jette pas.
Pas optimisé du tout !
C’est ce que je fais mais dans mon garage du coup… Je crois qu’il faut que je me résolve à les jeter rapidement après l’achat. 
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Dans ces boites vides, tu pourrais pas mettre, je sais pas moi… des petits cubes ? 
Je les garde et j’en recycle beaucoup pour différents usages. Certaines finissent comme vide-poches ou pour ranger diverses petites choses, d’autres (les plus grandes) servent de boîtes pour d’autres jeux qui ont grossi avec l’ajout d’extensions.
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Bah nous, nos boîtes d’extension sont toujours pleines de leur contenu. Et contrairement à @rodenbach , on en a sorti quelques-unes de la boutique… 
Mais elles restent au placard, car pour la plupart, on ne s’en sert pas, ! Des achats compulsionnels, inutiles ou juste pour la “collectionnite aigüe”…
Quand c’est possible, au grenier
Pour ma part, j’utilise le diagramme ci-dessous pour m’aider à prendre la décision de ce que je fais de la boite de l’extension
J’ai juste à répondre à une ou deux questions et le tour est joué
C’est vraiment très efficace 
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Je mets le jeu dans la boîte de l’extension, lorsque c’est possible, ça permet d’économiser de la place.
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Ça c’est le pire scénario :
T’as payé la boutique pour garder son stock chez toi !
Je regroupe le plus possible dans la boîte de base (éventuellement, j’achète une Big Box). Je joue aux poupées russes avec les boîtes vides (quand c’est possible), et pour l’instant, je les entasse dans une armoire. Quand elle sera pleine, on verra.
Ca, je le fais quand l’extension est en carton fin merdique (genre les anciennes extensions de Horreur à Arkham JCE), mais surtout parce que je trouve l’illustration jolie et “on sait jamais, je pourrais m’en resservir comme illustration sur une boite que j’ai construit”
Les extensions en carton dur, je tend à les garder : Je pourrais bien souvent tout bourrer en vrac dans la boite de base, mais les jeux à extension sont souvent ceux pour lesquels je vais bricoler un organiseur, et je sais qu’une fois remplie de casiers en carton plume, tout ne tiendra pas.
Du coup, je réorganise : “Les casiers des figurines dans la boite de base, les tuiles et les cartes dans l’extension Brigands et Bourrinage, et pour les tokens… Merde, pas la place, il va falloir garder la boite de l’extension Aventures Sous Marines?”